CESNI beschikt sinds zijn oprichting over een huishoudelijk reglement (Besluit CCR 2015-I-3). CESNI heeft dit huishoudelijk reglement vervolgens aangevuld met de formele aanvaarding, overeenkomstig artikel 12, tweede lid, van het huishoudelijk reglement, van interne regels die een autonome en transparante organisatie van de werkzaamheden van het comité waarborgen.
De interne regels inzake de status van de erkende organisaties regelen de deelname van representatieve niet-gouvernementele organisaties met een internationaal karakter. De interne regels inzake de werkgroepen regelen de werkzaamheden van de permanente en tijdelijke werkgroepen die tot taak hebben de standaarden voor te bereiden die voor aanvaarding aan het comité worden voorgelegd.
CESNI heeft tevens interne regels aangenomen voor de toekenning van de waarnemersstatus aan derde landen, die geen lid van de EU of de CCR zijn en die te kennen hebben gegeven deel te willen nemen aan de werkzaamheden van het comité en de bijbehorende werkgroepen.
Huishoudelijk Reglement en Interne regels Besluit CCR 2015-I-3 met betrekking tot de instelling en de werkwijze van het Europees Comité voor de opstelling van standaarden voor de binnenvaart